《放学后》《秘密》《白夜行》《暗恋》《信》《嫌疑人X的献身》《毕业——雪月花杀人游戏》《白马山庄杀人事件》《学生街里的杀人事件》
《11文字的杀人》
《浪花少年侦探团》
《以眨眼干杯》
《魔球》
《杀人现场在云端》
《沉睡的森林》
《布鲁特斯的心脏——完全犯罪杀人接力》
《十字豪宅的小丑》
《鸟人计划》（入围第11届吉川英治文学新人奖）
《宿命》*（2004年拍摄日剧SP，柏原崇、藤木直人主演）
《没有犯人的杀人夜晚》
《侦探俱乐部》
《面具山庄杀人事件》
《变身》（2005年拍摄电影，玉木宏、苍井优主演）
《回廊亭杀人事件》
《天使之耳
《雪地杀机》
《美丽的凶器》
《同班的同学》
《分身》
《和阿忍老师说再见——浪花少年侦探团·独立篇
《过去我死去的家》
《操纵彩虹的少年》
《怪人们》
《天空之蜂》》（入围第17届吉川英治文学新人奖）
《平行世界的爱的故事》
《怪笑小说》
《那个时候我们是傻瓜》（散文集）
《谁杀了她》
《名侦探的守则》（2009春季日剧，松田翔太主演）
《名侦探的诅缚》
《毒笑小说》
《恶意》*（1996年拍摄日剧，佐佐木藏之介主演）
《秘密》*（第52届日本推理作家协会奖、第120届直木奖入围）（1998年拍摄电影，广末凉子主演）
《侦探伽利略》*（2007年拍摄日剧，福山雅治、柴崎幸主演）
《我杀了他》
《白夜行》*（第122届直木奖入围）（2006年拍摄日剧，山田孝之、绫濑遥主演）
《预知梦》*（2007年拍摄日剧，福山雅治、柴崎幸主演）
《再一个谎言》
《超·杀人事件》*（「2003年世界奇妙物语春季篇」拍摄其中一个单元故事<超税金对策杀人事件，西村雅彦、大冢宁宁主演）
《单恋》*（第125届直木奖入围）
《湖边凶杀案》*（2002年拍摄电影，药师丸博子、丰川悦司、役所广司主演）
《时生》（2004年拍摄日剧，樱井翔主演，剧名为「给父亲的口信」）
《绑架游戏》*（2003年拍摄电影、藤木直人、仲间由
《我是非常勤》（注：本书书名和「非常勤」（中文意为兼任）同音，是创作者特别设定的双关语趣味）
《杀人之门》*
《信件》*（第129届直木奖入围）（2005年拍摄电影，山田孝之、泽尻绘里香主演）
《幻夜》*（第131届直木奖入围）
《挑战》（散文集）
《彷徨的刀刃》
《黑笑小说》
《嫌疑犯X的献身》*（第134届直木奖、第6届本格推理小说大奖）（2008年拍摄电影，福山雅治、柴崎幸、堤真一、松雪泰子主演）
《科学》（散文集）
《梦回杜林》（散文集）
《红色手指》
《使命与灵魂极限》
《拂晓之街》
《濒死之眼》
《也许是最后的寒暄》（散文集）
《流星之绊》（2008年拍摄日剧，锦户亮、户田惠梨香、二宫和也主演）
《伽利略的苦恼》
《圣女的救济》
《悖论13》